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新生兒吐奶常常是嚴重疾病的早期表現，而頻繁嘔吐除了直接影響營養的吸收外，還可以產生脫水、酸中毒等代謝紊亂的癥狀，尤其是新生兒吐奶常常是吸入性肺炎和窒息的直接原因。因此，對於新生兒的嘔吐，明確其的病因是最為至關重要的。
臨床常見的與內外科疾病有關的新生兒嘔吐如下：
羊水吸入：由於羊水大量吸入，對胃有一定的刺激作用。新生兒常在生後不久即出現嘔吐，吐出清水、粘液或帶少量血性液體，但一般情況良好，對於羊水吸入導致的頻繁嘔吐可用1%的蘇打水洗胃。
幽門痙攣：新生兒時期由於幽門功能暫時失調常在喂奶後不久出現噴射狀嘔吐，臨床常吐出大量乳汁和乳凝塊，時好時壞。對於幽門痙攣，可以用1：1000阿托品在吃奶前5-10分鐘滴入口內，先從1滴開始，逐步增加，最大量不得超過4滴，直到小兒出現面紅為止，一般能獲得明顯療效。
新生兒便秘：新生兒一般生後10小時內開始排出胎糞，如果生後數日排便極少或胎便排出時間明顯延長，臨床也可出現腹脹、吐奶。對於新生兒便秘可以用生理鹽水灌腸，一旦大便通暢，腹脹和嘔吐常隨之緩解。
感染因素：是新生兒嘔吐最常見的原因，除了消化道本身感染如流行性腹瀉、肝炎等外，消化道外的感染如中耳炎、肺炎、敗血癥、腦膜炎等，也是引起新生兒嘔吐的常見原因。 值得一提的是，消化道畸形在新生兒嘔吐的發病中常占有一席之地，而且危害極大，我們應該特別引起重視。